Com a colaboração de outros grupos de Stanford (especialmente o grupo da Dra Teri Klein do Centro Médico da Universidade de Stanford), estamos a olhar o enrolamento e mau enrolamento do Colagénio. O Colagénio é a proteína mais comum no corpo e as suas mutações levam a uma doença horrível chamada Osteogenesis Imperfecta (ou OI para abreviar). Em muitos casos, OI é letal e leva ao aborto. No entanto, 1 em cada 10,000 pessoas têm um certo tipo de mutação no colagénio.
Para muitos, onde a mutação não é muito séria, permanece desconhecida e mal diagnosticada e leva a ossos frágeis e outros problemas mais subtis. Noutros casos, no entanto, as mutações levam a problemas morfológicos mais graves, como se pode ver na figura.
Estamos a começar a modelar o enrolamento do colagénio nos projectos 1000.
DOENÇA DE PARKINSON (DP)
Também temos feito estudos preliminares numa proteína chave implicada na Doença de Parkinson. A Alpha-synuclein é uma proteína nativamente desenrolada e o seu enrolamento/mau enrolamento (ver agregados mal enrolados na figura) aparenta estar ligado à DP. Estamos a avaliar a aplicação de vários métodos FAH a este problema.
RIBOSSOMAS E ANTIBIÓTICOSO
Ribossoma é uma fantástica máquina molecular e tem um papel crítico na biologia, visto que é a máquina que sintetiza as proteínas. Por causa deste papel crítico, e de algumas diferenças pequenas mas fundamentais nos ribossomas dos mamíferos e bactérias, o ribossoma é o alvo para cerca de metade dos antibióticos. Estes antibióticos funcionam normalmente para prevenir os ribossomas bacterianos de sintetizarem novas proteínas, matando-os.
Temos vários projectos em desenvolvimento para estudar o ribossoma. Visto que o ribossoma é enorme, estas WUs são grandes WUs e levaram-nos ao limite dos cálculos do FAH. No entanto, com estas novas WUs, o FAH está preparado para estudar mais e mais problemas complexos, e se bem sucedidos, com um maior impacto biomédico.
COMO SÃO POSSÍVEIS ESTES NOVOS AVANÇOS?
Para fazer estas descobertas usando a computação distribuída, são necessários novos métodos.A computação distribuída é uma forma invulgar para realizar cálculos em grande escala. Enquanto dá recursos computacionais maiores que um supercomputador (por exemplo, os cerca de 200,000 processadores activos no FAH versus 5,000 num supercomputador típico), estes processadores estão ligados via Internet, não com as ligações de banda larga e de baixas latências encontradas nos supercomputadores.
Assim, temos de desenvolver novos métodos para usar o invulgar paradigma computacional e capacidades do FAH.Muito do nosso trabalho nos primeiros anos do FAH tem sido desenvolver e testar estes métodos em sistemas-modelo: pequenas proteínas que possam ser facilmente estudadas experimentalmente. Com estas comparações experimentais, podemos testar e validar os nossos métodos, assim como as suas limitações (que é crítico para melhorar os nossos métodos).
Até à data, o FAH tem sido muito bem sucedido, com mais de 25 trabalhos publicados nos primeiros 5 anos originados directamente dos cálculos do FAH. Vamos continuar a trabalhar em todas as frentes: novos núcleos científicos, novos algoritmos, novos modelos para as proteínas, novas questões relacionadas com os nossos métodos e aplicações às doenças e outras questões biomédicas.by: Dekker
Notícias :
06/01 Analogamente ao que noticiamos na última edição desta newsletter (desta vez antecipadamente) , aproximadamente metade dos servidores do F@H estarão fora de serviço no dia 19 de Janeiro entre as 4 e 6 da manhã lá pelas bandas de stanford (pelo que aqui deve ser entre as 12 e as 15h)
Fonte: http://folding.stanford.edu/news.html
22/12 Equipa de investigadores portugueses na Universidade de Cambridge descobriu uma molécula responsável pela prevenção de tumores. Esta noticia foi recolhida pelo membro da comunidade portugal@folding “aquiterio” e se aparentemente não tem muito a ver com o folding, a verdade é que não podemos esquecer que parte do sucesso deste projecto depende também da capacidade de relacionarmos a simulação em computação distribuida com a parte experimental e com a introdução de factores que influenciam o desenvolvimento (tal como já aconteceu com a p53, conhecida inibidora de tumores).
Fonte: http://folding.stanford.edu/news.htmlPois é o ano começou com uma novidade em termos de grandes comunidades foldadoras, os nossos amigos australianos (Overclockers Australia) perderam a liderança. Rei morto...Rei Posto... e o novo lider é ...[H]ardOCP
Fonte: http://www.techzonept.com/showthread.php?t=78907 Termino com a noticia (embora para a maior parte não seja novidade) de que subimos mais uma posição na tabela geral do F@HO 32º lugar já é nosso e os felizes contemplados com o nosso pó são os Pequenos Cães Brancos, ou LITTLEWHITEDOG para os amigos.
By: Fontemourisca
Sem comentários:
Enviar um comentário